Boko Haram utworzono w celu zreformowania islamu w północnej Nigerii przez przywrócenie mu pierwotnej formy. U podstaw tej koncepcji legły nauki Muhammada Yusufa - pierwszego ideologa tej organizacji.
Za największe zagrożenie dla religii muzułmańskiej uważał on odziedziczone po kolonializmie wpływy Zachodu, w tym europejską edukację, jego zdaniem niezgodną z zasadami islamu. Krytykował także obcy islamowi system demokracji oraz oparte na nim świeckie instytucje, opowiadając się za utworzeniem kalifatu na terenie północnej Nigerii.
Abubakar Shekau, który po śmierci Yusufa przejął władzę w organizacji Boko Haram, przekształcił ją w grupę podejmującą działania zbrojne przeciwko rządowi nigeryjskiemu oraz cywilnej ludności mieszkającej na północy kraju. Założeniem tej organizacji jest więc obalenie świeckiego rządu, zbudowanie kalifatu oraz wyplenienie z islamu wpływów obcych przez negację wartości zachodniej edukacji i utrudnianie pracy szkół.
