Metotreksat w formie doustnej lub podskórnej jest zarejestrowany m.in. w leczeniu reumatoidalnego zapalenia stawów, łuszczycy i łuszczycowego zapalenia stawów.
Wybór formy powinien opierać się na analizie potrzeb i stanu danego pacjenta oraz właściwości farmakologicznych danej formy.