Jeżeli kontrola podatkowa zakwestionuje uznanie wydatków za koszty podatkowe, prowadzi to do powstania zaległości podatkowej, a to z kolei oznacza obowiązek uregulowania zaległości wraz z odsetkami. W niektórych sytuacjach za niewłaściwe zakwalifikowanie kosztów grozi też odpowiedzialność karnoskarbowa.
