Kolejne przygody urwisów z Zamościa w czasie II wojny światowej. Nadszedł trzeci rok okupacji.
Członkowie rozwiązanej rok temu drużyny Kaktusów z Zielonej ulicy (Dzidek Cent, Jasiek Cielebąk, Szybki Jędrek i jego siostra Milka) na własnej skórze boleśnie doświadczają życia w okupowanym mieście: dowiadują się, czym są godzina policyjna i uliczne łapanki, obserwują, jak okrutnie Niemcy obchodzą się z Żydami, a także poznają trudne losy wysiedleńców z Wielkopolski. Muszą też zmierzyć się z licznymi zaczepkami ze strony dowodzonego przez demonicznego Hansa Teufla oddziału Hitlerjugend, w którym wbrew własnej woli znalazł się ich dawny kolega Romek Modrak.
I choć większość Kaktusów głęboko przeżywa zdradę chłopaka, Milka ciągle wierzy, że nie wszystko jest jeszcze stracone Wielka wojna z czarną flagą to klasyka polskiej literatury dziecięcej i młodzieżowej.